El primer capítulo del "Volumen #3: Villains" comenzará momentos después de los disparos, mientras que la inesperada identidad del asesino de Nathan y las razones por las que la rueda de prensa acabó antes de tiempo son reveladas.
Esto provoca que Peter y Matt se vean inmersos en algo desconocido hasta ahora. Con sus poderes parcialmente recuperados, Sylar decide que hacer una visita a Claire puede beneficiarle. Mientras tanto, en Tokyo, Hiro y Ando tienen como misión salvaguardar un secreto familiar que podría dividir al mundo, y descubren que el camino a un futuro nefasto comienza con una sospechosa chica, Daphne.
En Nueva York, gracias a Maya, Suresh hace un asombroso descubrimiento que podría cambiar el mundo... o destruirlo. ¿Y quién es Tracy Strauss?

En el impactante segundo capítulo del "Volumen #3: Villains", Angela discute con su cambiado hijo, Peter, sobre cuál es la mejor forma de evitar una aparentemente inevitable catástrofe a nivel mundial. Primero, Sylar declara la guerra a la Compañía atacando sus instalaciones principales, y encontrando a su paso mucho más de lo que se esperaba en el Nivel 5.
Durante una devastadora batalla contra Elle, una docena de salvajes criminales (todos ellos con terribles poderes), escapan. Mientras tanto, Claire descubre algo nuevo e inesperado sobre sus habilidades.
Decidido a recuperar el terrible secreto de su familia, Hiro y Ando siguen a Daphne hasta parís. Después de una fatídica noche, Suresh está encantado de ver que su investigación, su vida y su relación con Maya evolucionan a pasos agigantados. Atrapado en territorio poco familiar, Matt encuentra una guía que le ayudará.

Cuando cuatro de los despiadados y poderosos villanos (Knox, Flint, The German y Jesse) irrumpen en un banco y toman rehenes, Angela envía a HRG y su somprendente y nuevo compañero con poderes a detenerlos.
Determinado a evitar un futuro apocalíptico, Peter debe encontrar primero lo que ha perdido por el camino. Mientras tanto, Hiro y Ando siguen a Daphne y a parte de "la fórmula" hasta Alemania, pero se encuentran con el Haitiano.
Horrorizada por su poder, Tracy Staruss deja Washington para buscar respuestas sobre Niki, mientras que una angustiada Claire le pide a Meredith que le enseñe a luchar. Con su romance con Maya intensificándose, Mohinder se encuentra desprevenido cuando su experimento arroja unos resultados desconcertantes.

Viendo un futuro en el que casi todo el mundo tiene poderes, un mundo destinado a la destrucción, Peter decide intentar evitar el fin de la tierra cueste lo que cueste. Esto le lleva a hacerse con un oscuro e incontrolable poder para conseguir salvar al mundo, arriesgándose a que le destruya a él y a todos los que aprecia primero.
Por otro lado y después de permitir que la mitad de “la fórmula” de Angela fuera robada, Hiro y Ando se proponen descubrir la identidad del villano que contrató a Daphne, y para ello deben consultar a la persona que más sabe sobre ellos… Adam Monroe.
Por su parte, y después del baño de sangre en el banco, HRG decide librarse de su compañero, mientras que Claire, convencida de ser una heroína, se echa a la carretera para perseguir a uno de los villanos que aparecía en los antiguos ficheros de HRG.
Mohinder cede a sus impulsos, mientras que Linderman y Molly vuelven de forma inesperada. Un nuevo romance aparecerá entre dos de nuestros Heroes.

Armada con los viejos expedientes de HRG y un "taser", Claire intenta acabar con su primer objetivo -- Stephen Canfield, uno de los que se escaparon del Nivel 5 con el poder de crear agujeros negros -- sin percatarse de que los otros están cerca.
Mientras, horrorizado, Peter huye de toda la muerte y destrucción en el futuro, sólo para descubrir lo mucho que esa experiencia le ha cambiado. Frustrado por culpa de que Adam Monroe no le acercara a la fórmula, Hiro toma la determinación de aliarse con Daphne y su nuevo asociado Knox, pese a no contar con el beneplácito de Ando.
Por otra parte, la urgencia de Suresh en corregir los errores de su investigación deja a Maya, entre otros, en una situación comprometida. Linderman aconseja a Nathan que se acerque a Tracy, haciéndole ver que juntos podrían llegar muy lejos.
En África, Matt ve como se desvanece su visión del "fueron felices y comieron perdices".

Impresionados por la sorprendente crueldad de Hiro, los villanos Knox y Daphne le llevan, junto a otros, a las instalaciones de Pinehearst, y le asignan su primera misión. Con Angela y la Compañía paralizadas por los recientes acontecimientos, Peter va directamente a Pinehearst buscando respuestas, aunque cambia de idea tras encontrarse con su inesperado fundador.
Mientras tanto, Claire y su madre Sandra intentan liberar a Meredith de las garras del villano Doyle, quien tiene el poder de tomar el control física y psicológicamente de los demás.
Más tarde, Nathan lleva a Tracy hasta Suresh, esperando que él pueda ayudarla a saber más sobre el origen de sus poderes.

Atrapados y aterrorizados, Nathan y Tracy luchan por sus vidas ante un monstruoso y muy cambiado Suresh, y conseguir escapar junto a Maya y al resto de sujetos que usa como cobayas. Elle vuelve con una sorpresa para Claire y su familia.
Mientras tanto, conociendo el despiadado intento de sus rivales en Pinehearst por derrotar a Peter, Angela intenta convencer a Sylar para que salve a su hermano.
Como no se va a unir a los Villanos, el jefe de Daphne le manda acabar con Matt... o acabar muriendo ella.
Bajo los efectos del poder del vidente africano, Hiro se cuestiona la validez de los consejos que le da Usuto sobre cómo enfrentarse a sus enemigos.

Para preparar el futuro encontronazo, Hiro sigue al respetado hombre de negocios, marido y padre, Arthur Petrelli días antes de que "muriese" - para descubrir lo que le llevó a fundar la compañía rival Pinehearst para acabar con Angela.
Más tarde, un hecho se desarrollará dónde Sylar, aterrorizado y llevado por la culpa, podría haber detenido su persecución letal de poderes - esto es, si H.R.G. y Elle influyesen desde sus tremendas misiones.
Finalmente, bajo el ala del hombre de la Compañía Thompson, la agente en pruebas Meredith comprueba como su vida pierde sentido, con la llegada de su irascible hermano.

Después del ataque preventivo contra Hiro y Ando en África, Arthur Petrelli ordena a Knox y Flint que capturen a su hijo Peter y a su nieta Claire.
Nathan queda atónito con la noticia de que su padre está vivo, y que se encuentra al frente de un grupo de villanos cuyo fin es destruir el mundo.
Mientras tanto en Pineahearst, Sylar se enfrenta a Elle. Suresh comienza las pruebas con su nueva fórmula combinando poderes. Más tarde, con el resto muertos, heridos o escapándose, Matt intenta despertar a Angela.

Después de reunir a Sylar y Elle, Arthur les ordena que encuentren a Claire y que se la traigan.
Matt, Hiro y Ando se reunen como equipo y siguen a Daphne a su lugar de nacimiento de Atenas, Georgia, para así descubrir lo que ella tanto esconde.
Mientras, Nathan y Peter Petrelli viajan juntos a Haiti en busca del único hombre que puede detener a su padre en la destrucción del mundo, el Haitiano.

El eclipse continua impactando en las habilidades de los héroes mientras Elle y Sylar se enfrentan a un vengativo H.R.G. mientras Claire lucha por sobrevivir.
En Haiti, Peter y Nathan unen sus fuerzas con el Haitiano para luchar contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan llega a tomar una decisión muy chocante.
Mientras, Ando, Sam y Frack trabajan duramente para que Hiro recupere su memoría con la ayuda de los cómics de "9th Wonders" en una tienda de cómics local.

Con la esperanza de encontrar una manera de detener a Arthur, Hiro y Claire se alían juntos y viajan 16 años al pasado, cuando Kaito da a Claire a H.R.G.
A su vez, Peter y el Haitiano se unen para acabar con Arthur de una vez por todas pero son interrumpidos por Sylar.
Mientras, en el laboratorio, Suresh da un gran paso con la fórmula que cambiará todo.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales.
Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento.
Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.